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人类蛋白编码基因局部GC水平相关性分析_论文

重庆维普 http://www.cqvip.com 遏  H R DT S(ei ) 2 0 年9E 0 )16 —17  EEI A B i g 08 j n ,,3 ( :19 14 J 9 I N 2372 W Whae .  S   5-7 S 0 9   W .ignc cn ea 研 究报告  DoI 03 2 / ..0 52 0 .1 6   :1 .7 4SPJ1 0 .0 80 1 9 人类蛋 白编码基 因局部 GC水平相关性 分析  陈祥贵,胡 军,杨 潇  西 华 大学 生 物 工程 学 院 ,成都 6 0 3  10 9 摘要 : C含 量是基 因组 DNA序列碱基 组成 的重要特征 ,蕴涵基 因结构 、功 能和进化信 息。文 中通过从公 共数  G 据库 提取 7 9 2个 非冗余 的人 类蛋 白质 编码基 因 DNA 序列,分 析 了基 因序列不 同 区域 的局部 G 含量和相 关   9 C 性 。结果 表 明:基 因局 部 G C含 量呈现不均 一性,  5非翻译 区 G C水平 最高,为 6 .6 25 %;而 3非翻译 区 GC水 平    最低 ,为 4 .7 39 %。3侧 翼序列 的 GC含量 能较好地代 表基 因所在 区域 DNA长 片段的 G   C水 平 。虽然开放 阅读  框 的 GC含量 比 内含 子、3非翻 译 区和 3侧 翼序 列 的 G     C含 量 高,但 4个 区域 的 G C含 量之间均存 在较 高的相  关性 。 密码子 第三位置 的平均 G C含 量( C3为 5 .9 G ) 80 %,显著 高于 密码 子第 一位 置和 第二位置 的 G C含 量,且与   开放 阅读框 的 GC水 平高度相 关,相 关系数 高达 09 。G .1 C3与 内含 子 、3非翻译 区、3侧 翼序 列的 GC水 平相      关性 也较高, C3对 3侧 翼序 列的 GC含 量 的直线回 归斜 率为 1 5 G   .  因此, C3可作为基 因所在 区域 G 2 G C水 平变  化的敏感性指标 。 而密码子 第一位置和 第 二位 置 以及 5侧 翼序列和 5非翻译 区 G     C水 平与基 因其他 区域 的 G   C 水平 的相关性 较弱。该研 究结果提 示:基 因蛋 白编码 区密码 子第三位 置、 内含 子、3非翻译 区和 3侧 翼序 列的      碱基 可 能经历 了相近 的进化 过程,而蛋 白编码 区密码子 第一位 置和第 二位 置 、5侧 翼序 列和 5非翻译 区由于功      能 的 需 要 而 经 历 了不 同 的 突 变 和 选 择 。   关键 词:局部 G C含 量;相 关;人 类蛋 白编码基 因   Ana y i  fc r e a i n  fl c lG C  v l n h m a   r t i   l sso   o r l to o   a   o l e    u e i n p o en c d ng g ne   o i  e s CH EN  i n — u ,HU — u , X a gG i J n YA N G  a   Xi o Sh o  Bo n ier g XhaU ies C e g u6 0 3 , hn   co lf iegnei , iu  nvr  ̄, h n d  10 9 C ia o n i Ab ta t s r c :GC  e e  Sa   mp ra t fa u e o   e o c c mp st n l v li n i o t n  e t r   f g n mi  o o i o .wh c   i nfc nl   mp o e o ru d rt n ig o     i ih sg i a t i r v   u   n e sa d n   f i y sr t e u t   nd e olto     n s n t i  a r h   on e n n   tucur ,f nci a   v u i n ofge e .I  h sp pe,t e n r du da tDN A  e ue c   f7 99   on s q n e o     2 huma   r t m c i g n poe ’ od n   g ne  e er ti e   o p blcd tba e a d t el c lGC e l   fe e ts qu nc  e o   nd c rea i   t e nG C  e sw r  erev d f m  u i  a a s   n  h  o a  r lve  di r n e e er ginsa   o r ltonbew e   of lv l  r   n l z d— Ther s ls s we  ha he GC e l    i e e  e e e r gi sw ee srki gl  on e e swe e a a y e   e u t  ho d t tt   lvesofd f r nts qu nc  e on   r  ti n y n unio f 丌n.5   u ta sae  e i nsw e eo  ih t C. ihav r g   C  one   i   2.% . - ta sae  e i nsw e eo  oo e tGC. n r n l td r g o   r  frc es  G w t   e a eG c tnt ng 6 5 be 3' un r n l td r g o   r  fp r s    wih a e a   C  on e tbeng 4 9 t   v r geG c t n  i   3.7% .GC  one sof3 la i g s q n e  

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