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MEGA软件——系统发育树构建方法

MEGA 软件——系统发育树构建方法
1)序列文本 构树之前先将每个样品的序列都分别保存为 txt 文本文件中,序列只包含序列字母 (ATCG 或氨基酸简写字母)。文件名名称可以已经您的想法随意编辑。
2)序列导入 MEGA 5 首先打开 MEGA 5 软件,界面如下:
然后,导入需要构建系统进化树的序列:

点击 OK

如果是 DNA 序列,点击 DNA,如果是蛋白序列,点击 Protein。 出现新的对话框,创建新的数据文件

如果是 DNA 序列,点击 DNA,如果是蛋白序列,点击 Protein。

3)序列比对分析

导入成功

点击 W,开始比对。比对完成后删除序列两端不能完全对其的碱基。

系统分析 然后,关闭该窗口,在弹出的对话框中选择保存文件,文件名随便去,比如保存为 1。

4)系统发育树构建
以 NJ 为例

Bootstrap 选择 1000,点 Computer,开始计算 计算完毕后,生成系统发育树。

以下“系统发育树树的修饰”方法沿用斑竹 brightfuture01 的方法
5)树的修饰 建好树之后,往往需要对树做一些美化。这个工作完全可以在 word 中完成,达到 发表文章的要求。点击 image,copy to clipboard。新建一个 word 文档,选择粘贴。 见下图:

在图上点击右键-编辑图片,就可以对文字的字体大小,倾斜等做出修饰。见下图:
这个时候可以通过 Adobe professional 对其进行图像导出:先将此 word 文档打印 成 PDF,见下图:

将打印出来的 PDF 保存在桌面上,打开,如下图: 此时,点击 工具,高级编辑工具,裁剪工具,如下图所示:

选择需要的区域以删除周围的空白区,双击发育树,会出现下图: 点击确定,出现下图 (把空边切掉了):

点击文件,另存为,在保存类型一栏中选择 TIFF 格式,点击确定后会生成下面这 个图片,所生成图片绝对可以满足文章的发表:
OK,结束了,自己玩一把吧。


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